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Grupo de investigação

Ecologia e Evolução Aquática

Alterações Globais e Serviços dos Ecossistemas

O Grupo de investigação em Ecologia e Evolução Aquática aplica abordagens multidisciplinares para estudar diferentes níveis de organização da biodiversidade aquática: desde genes e genomas até ao nível dos organismos, populações, comunidades e ecossistemas.

O grupo tem como objetivo desvendar os padrões e processos que determinam a diversidade nos sistemas aquáticos e compreender as possíveis ameaças que os impactos antropogénicos representam para a biodiversidade. A investigação passada do grupo trouxe contribuições importantes para a compreensão das forças evolutivas que governam a variação genética na natureza, através da aplicação de diversos marcadores moleculares em vários modelos biológicos, especialmente bivalves de água doce, peixes e crustáceos marinhos. A equipa também gerou importantes estudos de ecologia e biologia de conservação, incluindo avaliações de estatuto de conservação e criação de diretrizes de investigação sobre espécies e habitats aquáticos por todo o mundo. A equipa trabalha também ativamente na sensibilização e promoção da participação do público na investigação sobre biodiversidade e conservação, incluindo abordagens participativas como a conservação de recursos marinhos com base na comunidade.

Investigador principal

Group Leader

Elsa Froufe, Investigadora Principal no CIIMAR, possui uma licenciatura em Biologia pela Universidade de Aveiro (1997) e um doutoramento pela Universidade do Porto (2006). Com vasta experiência em genética e biologia evolutiva, o seu trabalho centra-se na compreensão dos padrões de biodiversidade aquática e nas complexidades destes ecossistemas. A Elsa colabora ativamente com uma vasta rede de investigadores estando particularmente interessada na aplicação de abordagens interdisciplinares integrativas para estudar diferentes níveis de organização da biodiversidade aquática. Nos últimos anos, tem se dedicado ao estudo do impacto das alterações climáticas na biodiversidade aquática.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Co-investigador principal
Bolsa de investigação

David Barros-García concluiu o seu doutoramento em Biologia (2019) na Universidade de Vigo (Espanha). Os seus interesses de investigação centram-se na filogeografia, evolução, taxonomia integrativa e adaptação ao ambiente de peixes de profundidade. Obteve um Concurso Individual de Estímulo ao Emprego Científico como investigador júnior da Fundação para a Ciência e a Tecnologia com uma proposta baseada na investigação genómica de teleósteos de profundidade a desenvolver no CIIMAR.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Projetos de investigação

A&BM

ATLANTIDA

BIOMETORE

ConBiOmics

CORAL

EdgeOmics

FRESHCO

INNOVMAR

MarInfo

MULTI-CRASH

Ocean3R

PerSeaVe

SeeingShore

Membros do Grupo

Bolsa de investigação

Ana Matos é licenciada em Biologia, mestre em Biologia Celular e Molecular e doutorada em Biologia pela FCUP. Ao longo da sua carreira, participou em vários projetos relacionados com biologia aquática. Entre eles, o estudo das interações predador-presa e desenvolvimento de marcadores moleculares para avaliar rápida e eficazmente a presença de cianobactérias potencialmente tóxicas em sistemas de água doce. Além disso, também estudou o microbioma de ascídias e o seu potencial bioativo aplicando abordagens genómicas, proteómicas e microbianas. Fez parte do projecto EdgeOmics que visava investigar a adaptação dos bivalves de água doce aos efeitos das mudanças climáticas e actualmente integra o projecto MoRePorto cujo âmbito é a monitorização e restauro das zonas húmidas da cidade do Porto.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Estudante de Mestrado

Coordenadora de Projetos Marinhos e de Água Doce, Programas de Conservação, na Sociedade Zoológica de Londres.
Ana trabalha numa série de projetos de conservação marinha que se concentram em iniciativas comunitárias, que incluem o projeto Our Sea Our Life da ZSL (trabalhando com comunidades em Moçambique na co-gestão da pesca artesanal) e o programa Net-Works (capacitando comunidades costeiras no mundo em desenvolvimento para recolher e vender redes de pesca descartadas, que são reciclados para fazer tapetes). Ela possui bacharelado em Ciências Oceânicas pela Universidade de Plymouth e está realizando mestrado em Educação para Sustentabilidade pela London South Bank University.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Bolsa de investigação

André Gomes-dos-Santos licenciou-se em Biologia Aplicada em 2015 (Universidade do Minho), onde também obteve o grau de Mestre em Ecologia (2017). Concluiu o doutoramento em Biologia em 2023 (Universidade do Porto), durante o qual se especializou em bioinformática focada em “assembly” de genomas, filogenómica, genómica populacional e gestão de dados. Tem mais de 30 publicações científicas indexadas com cerca de 100 co-autores diferentes de 25 países. O seu foco de investigação é a aplicação de resultados de sequenciação genómica, implementados através da biologia computacional, para compreender a dinâmica evolutiva e as adaptações dos mexilhões de água doce e de outros organismos aquáticos.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Investigador

Antonina dos Santos possui mais de 20 anos de trabalho científico em taxonomia e ecologia de invertebrados marinhos. Licenciou-se em Biologia Marinha e Pescas pela Universidade do Algarve e doutorou-se em Biologia (Ecologia e Biossistemática) pela Universidade de Lisboa em 2000.

A sua principal área de trabalho tem sido o estudo de larvas de decápodes, centrando os seus estudos em taxonomia, dispersão larval e recrutamento. Além disso, também realizou importantes trabalhos sobre taxonomia de adultos, tendo já descrito quatro novas espécies de camarão para a ciência (Bresilia saldanhai, Periclimenaeus aurae, Lysmata jundalini e Macrobrachium pantanalense). Recentemente ela criou o GelAvista, um projeto de ciência cidadã para estudar medusas. Tem estado envolvida em diversos projetos científicos multidisciplinares nacionais e europeus, 5 dos quais como coordenadora. Os resultados da sua atividade científica refletem-se na publicação de mais de 60 artigos científicos publicados em revistas internacionais. Ela também orientou muitos estudantes de graduação a teses de mestrado, doutoramento e pós-doutoramento de Portugal, Espanha, Itália e Brasil, entre outros. Foi cientista-chefe em mais de 15 campanhas oceanográficas multidisciplinares ao largo da costa portuguesa. Também é editor dos Folhetos de Identificação do ICES para Plâncton e editora académica do PeerJ.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Estudante de Mestrado
EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Bolsa de investigação

David Barros-García concluiu o seu doutoramento em Biologia (2019) na Universidade de Vigo (Espanha). Os seus interesses de investigação centram-se na filogeografia, evolução, taxonomia integrativa e adaptação ao ambiente de peixes de profundidade. Obteve um Concurso Individual de Estímulo ao Emprego Científico como investigador júnior da Fundação para a Ciência e a Tecnologia com uma proposta baseada na investigação genómica de teleósteos de profundidade a desenvolver no CIIMAR.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Investigador

Interesso-me por biogeografia, biologia evolutiva e conservação, e tenho trabalhado com uma variedade de taxa terrestres e aquáticos. As minhas teses centraram-se na análise de padrões evolutivos e biogeográficos da herpetofauna terrestre e semi-aquática do deserto da África Ocidental, a diferentes escalas espaciais e temporais utilizando SIG, modelos baseados em nichos ecológicos e genética. Trabalhei também com peixes e mexilhões de água doce. Actualmente estou a estudar a distribuição e evolução da biodiversidade de água doce nas regiões semiáridas do Norte de África e como esta contrasta com os padrões terrestres. Até hoje acumulei centenas de dias de trabalho de campo em expedições a locais remotos, principalmente África. Procuro o equilíbrio entre exploração, conservação, aprendizagem e pensamento científico crítico.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Group Leader

Elsa Froufe, Investigadora Principal no CIIMAR, possui uma licenciatura em Biologia pela Universidade de Aveiro (1997) e um doutoramento pela Universidade do Porto (2006). Com vasta experiência em genética e biologia evolutiva, o seu trabalho centra-se na compreensão dos padrões de biodiversidade aquática e nas complexidades destes ecossistemas. A Elsa colabora ativamente com uma vasta rede de investigadores estando particularmente interessada na aplicação de abordagens interdisciplinares integrativas para estudar diferentes níveis de organização da biodiversidade aquática. Nos últimos anos, tem se dedicado ao estudo do impacto das alterações climáticas na biodiversidade aquática.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Investigador

Fernando Tuya is Associate Professor (“Profesor Titular”) at the Universidad de Las Palmas de G.C., since February 2018, after a “Ramón y Cajal” (2010-2015) tenure-track position and two postdoctoral positions at the Centre for Marine Ecosystems Research, Edith Cowan University (Australia, 2006-2008) and CIIMAR, Universidade do Porto (Portugal, 2009-2010). In 2015, I was awarded the I3 certification by the MINECO, according to the merits obtained in the first 4 years of the “Ramón y Cajal” tenure-track position.

Motivation of research: the necessity of searching for models that aim to explain patterns in the organization of benthic marine assemblages through ecosystems across different scales of space, time and taxonomy. More specifically, my research focuses in ecological interactions in and around marine habitats to tease apart the often-complex interactions that cause patterns of species distributions in nature. This approach allows transferring basic ecological knowledge into the sustainable management of marine ecosystems.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
PhD Student

Giulia Secci graduated in Biology in 2014 and obtained her Master degree in Marine Biology in 2016, both achieved in the University of Cagliari. She has been awarded with a PhD mixed grant from FCT. She is carrying out her work in the AEE (Aquatic Ecology and Evolution), AGE (Animal Genetic and Evolution) laboratories at CIIMAR and in the Institute of Zoology of Karl-Franzens University in Graz (Austria), under the supervision of Elsa Froufe, Filipe Castro and Steven Weiss. Her work uses grayling (Thymallus) species to study patterns of population structure, phylogeny and phylogeography using full mitogenomes as well as mechanisms of adaptation by building low-coverage genomes.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Estudante de Mestrado
EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Técnico de Investigação

Research Assistant at IPMA. Performs research support activity in the scientific area of Information Systems and Technologies, within the scope of the EMODnet Biology project. Organization and formatting of biodiversity data sets for the its availability on the EMODnet data portal, using the formats Darwin Core, EurOBIS, OBIS & OBIS-ENV, WoRMS.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Bolsa de investigação

Jérémy Huet has got a Master degree in conservation biology since 2007. He has worked on community-based projects from protecting marine biodiversity and sawfish in Guinea-Bissau to diversifying habitats for wild plants with local volunteer groups in the Balkans. Hosted by CIIMAR in Porto since 2014, he is now working for the Zoological Society of London on a fishery co-management project in Mozambique: Our Sea Our Life. This innovative project supports Community Fisheries Councils to manage marine reserves and diversify livelihoods through oyster farming and saving groups.

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Ecologia e Evolução Aquática
Bolsa de investigação

Lígia Faria de Sousa graduated in Biology in 2012 in the Sciences Faculty of Lisbon University (FCUL) and has a Master degree in Scientific Illustration achieved in 2015. She works in the description of the morphology of decapod crustacean larvae, and has been collaborating in the Portuguese citizen science program GelAvista since 2016.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
PhD Student

Manuel Lopes-Lima is currently the (IUCN/SSC) Coordinator of the Red List Authority on Freshwater Bivalves within the Mollusk Specialist Group. His research interests are related with the global conservation of freshwater mussels including phylogeny, genetic diversity and ecophysiology. He is also an active promoter of international research efforts around this faunistic group.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Investigador

Rita F. T. Pires é doutorada em Ciências do Mar pela Universidade de Lisboa (2022) e mestre em Biologia Marinha (especialização em Ecologia e Conservação Marinhas) pela Universidade do Algarve (2010). Desde 2011, como assistente de investigação no Instituto Português do Mar e da Atmosfera, tem trabalhado em ecologia e taxonomia do zooplâncton marinho. Especializou-se na identificação de crustáceos decápodes, larvas de peixes e medusas. Desde 2016, colabora também no programa português de ciência cidadã GelAvista, para monitorização de medusas. Os seus interesses de investigação incluem também oceanografia biológica, processos de dispersão e conectividade larval, modelação biofísica e divulgação científica. Em seu doutoramento, concentrou-se em estudos de modelação biofísica para larvas de decápodes para a região Nordeste do Atlântico – Mediterrâneo Ocidental.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
Estudante de Mestrado

Tea licenciou-se em Biologia – Microbiologia na Faculdade de Ciências Naturais e Matemática da Universidade de Sarajevo. Atualmente, está a fazer um mestrado em Biodiversidade, Genética e Evolução na Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. A sua tese de mestrado tem como objectivos: i) caracterizar a comunidade de parasitas do crocodilo da África Ocidental (Crocodylus suchus) e do babuíno da Guiné (Papio papio) ao longo de um gradiente de aridez; ii) analisar os fatores ambientais que determinam a diversidade e a renovação dos parasitas; iii) prever potenciais alterações na distribuição da diversidade de parasitas nestas espécies. Os seus interesses são a conservação da biodiversidade, a biologia evolutiva, a microbiologia, a genética, a biogeografia, a herpetologia e a biologia marinha.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática

Principais publicações

A novel assembly pipeline and functional annotations for targeted sequencing: A case study on the globally threatened Margaritiferidae (Bivalvia: Unionida).

Gomes‐dos‐Santos, A., Froufe, E., Pfeiffer, J. M., Johnson, N. A., Smith, C. H., Machado, A. M., ... & Lopes Lima, M.

2023Molecular Ecology Resources.
Multilocus species delimitation analyses show junior synonyms and deep-sea unknown species of genus Gaidropsarus (Teleostei: Gadiformes) in the North Atlantic/Mediterranean Sea area.

Barros-García, D., Comesaña, Á. S., Bañón, R., Baldó, F., Arronte, J. C., Froufe, E., & De Carlos, A.

2022Mar Biol 169, 131.
Morphological description of the first protozoeal stage of the deep-sea shrimps Aristeus antennatus and Gennadas elegans with a key.

Carreton, M., Dos Santos, A., De Sousa, L.F. Rotllant, G., Company, J.B.

2020Scientific Reports 10, 11178
Freshwater mussels (Bivalvia: Unionidae) from the rising sun (Far East Asia): phylogeny, systematics, and distribution.

Lopes-Lima, M., Hattori, A., Kondo, T., Lee, J. H., Kim, S. K., Shirai, A., ... & Froufe, E.

2020Molecular Phylogenetics and Evolution, 146, 106755.
Evaluating a species phylogeny using ddRAD SNPs: Cyto-nuclear discordance and introgression in the salmonid genus Thymallus (Salmonidae).

Secci-Petretto, G., Englmaier, G. K., Weiss, S. J., Antonov, A., Persat, H., Denys, G. P., ... & Froufe, E.

2023Molecular Phylogenetics and Evolution, 178, 107654
Joint species distribution models unveil co‐occurrences between freshwater mussels and their fish hosts.

da Silva, J. P., Goncalves, D. V., Garcia‐Raventós, A., Lopes‐Lima, M., Varandas, S., Froufe, E., Teixeira, A., Hui, F. K.C., Filipe, A. F., Sousa. R.

2023Journal of Biogeography 50, no. 4: 730-742
PacBio Hi-Fi genome assembly of the Iberian dolphin freshwater mussel Unio delphinus Spengler, 1793.

Gomes-dos-Santos, A., Lopes-Lima, M., Machado, M. A., Teixeira, A., C. Castro, L. F., & Froufe, E.

2023Scientific Data, 10(1), 340.