João Carneiro é um especialista em bioinformática. Ele foi membro da equipa em 8 projetos financiados, incluindo 7 da FCT e 1 da União Europeia. Ele é o investigador principal de 2 projetos competitivos. Ele garantiu mais de €90 mil em bolsas e mais de €15 mil em projetos. Suas principais áreas de investigação incluem:
1. Conformações não-B do ADN mitocondrial.
2. O estudo de vírus altamente infeciosos.
3. O desenvolvimento e aplicação de modelos de aprendizagem automática em bancos de dados bioquímicos.
4. Previsão de enzimas que degradam plásticos usando modelos de aprendizagem automática para uso em biotecnologia azul.
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