Os ecossistemas costeiros próximos do CIIMAR incluem uma grande diversidade de habitats, tanto marinhos como estuarinos. A plataforma atlântica das nossas costas energéticas oferece uma grande variedade de fundos marinhos, desde fundos de sedimentos macios até luxuriantes recifes rochosos.

Extensas costas rochosas e praias arenosas caracterizam a costa Norte de Portugal. Também zonas estuarinas incluindo grandes fozes de rios, como no caso dos rios Minho, Lima, Douro ou Cávado, e lagoas costeiras, como a Ria de Aveiro, estão inseridas nesta área costeira.
A plataforma CIIMAR Acesso aos Ecossistemas visa facilitar as atividades de investigação, partilhando o seu conhecimento profundo e de longo prazo sobre a fauna, a flora e as condições ambientais dos diferentes ecossistemas da costa Norte de Portugal e fornecendo instalações logísticas e orientação ao longo do processo da atividade de investigação.
O Centro de Mergulho Científico CIIMAR está totalmente equipado para apoiar a investigação a nível subaquático seguindo as Normas Europeias de Mergulho Científico. O equipamento inclui conjuntos completos de equipamentos de mergulho, ampla gama de ferramentas e equipamentos necessários para executar diversos levantamentos observacionais, experimentos manipulativos, colheita de amostras biológicas e não biológicas e recolha de imagens (vídeo e fotografia). As instalações de investigação oceânica do CIIMAR incluem CTD multiparamétrico, sensores subaquáticos de luz e temperatura, dispositivos de amostragem de água e plâncton, hidrofone subaquático, captadores de sedimentos Van Veen, etc.