O CIIMAR possui laboratórios analíticos bem equipados, com diversos equipamentos analíticos, incluindo Analisadores de Fluxo Segmentado (SFA), Espectrómetros de Absorção Atómica (AAS), Cromatografia Líquida-Espectrómetros de Massa (LC-MS/MS) e HPLC, Cromatógrafos Gasosos com diferentes detetores (Deteção de Ionização de Chama (GC-FID) e Espectrometria de Massa), Espectrómetro de Massa de Razão de Isótopos-Analisador Elemental Orgânico (EA-IRMS), que permite a quantificação de uma vasta gama de compostos em diferentes matrizes com múltiplas finalidades.

Estes equipamentos são utilizados pelos investigadores do CIIMAR na prossecução da sua investigação no âmbito das três Linhas de Investigação do CIIMAR permitindo, por exemplo, a quantificação de poluentes em diferentes compartimentos ecossistémicos, o estabelecimento de parâmetros de toxicidade, a avaliação de medidas de recuperação de ecossistemas através de ferramentas biotecnológicas, a identificação de compostos bioativos ou a avaliação do estado nutricional do pescado, combinando dados químicos e biológicos numa abordagem multidisciplinar