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Grupo de investigação

Ecologia e Evolução Aquática

Alterações Globais e Serviços dos Ecossistemas

O Grupo de investigação em Ecologia e Evolução Aquática aplica abordagens multidisciplinares para estudar diferentes níveis de organização da biodiversidade aquática: desde genes e genomas até ao nível dos organismos, populações, comunidades e ecossistemas.

O grupo tem como objetivo desvendar os padrões e processos que determinam a diversidade nos sistemas aquáticos e compreender as possíveis ameaças que os impactos antropogénicos representam para a biodiversidade. A investigação passada do grupo trouxe contribuições importantes para a compreensão das forças evolutivas que governam a variação genética na natureza, através da aplicação de diversos marcadores moleculares em vários modelos biológicos, especialmente bivalves de água doce, peixes e crustáceos marinhos. A equipa também gerou importantes estudos de ecologia e biologia de conservação, incluindo avaliações de estatuto de conservação e criação de diretrizes de investigação sobre espécies e habitats aquáticos por todo o mundo. A equipa trabalha também ativamente na sensibilização e promoção da participação do público na investigação sobre biodiversidade e conservação, incluindo abordagens participativas como a conservação de recursos marinhos com base na comunidade.

Investigador principal

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Group Leader

Elsa Froufe, Investigadora Principal no CIIMAR, possui uma licenciatura em Biologia pela Universidade de Aveiro (1997) e um doutoramento pela Universidade do Porto (2006). Com vasta experiência em genética e biologia evolutiva, o seu trabalho centra-se na compreensão dos padrões de biodiversidade aquática e nas complexidades destes ecossistemas. A Elsa colabora ativamente com uma vasta rede de investigadores estando particularmente interessada na aplicação de abordagens interdisciplinares integrativas para estudar diferentes níveis de organização da biodiversidade aquática. Nos últimos anos, tem se dedicado ao estudo do impacto das alterações climáticas na biodiversidade aquática.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
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Bolsa de investigação

David Barros-García concluiu o seu doutoramento em Biologia (2019) na Universidade de Vigo (Espanha). Os seus interesses de investigação centram-se na filogeografia, evolução, taxonomia integrativa e adaptação ao ambiente de peixes de profundidade. Obteve um Concurso Individual de Estímulo ao Emprego Científico como investigador júnior da Fundação para a Ciência e a Tecnologia com uma proposta baseada na investigação genómica de teleósteos de profundidade a desenvolver no CIIMAR.

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Ecologia e Evolução Aquática
Projetos de investigação

A&BM

ATLANTIDA

BIOMETORE

ConBiOmics

CORAL

EdgeOmics

FRESHCO

INNOVMAR

MarInfo

MULTI-CRASH

Ocean3R

PerSeaVe

SeeingShore

Membros do Grupo

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Investigador
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Ecologia e Evolução Aquática
ciimar_site - Ana Matos
Bolsa de investigação

Ana Matos é licenciada em Biologia, mestre em Biologia Celular e Molecular e doutorada em Biologia pela FCUP. Ao longo da sua carreira, participou em vários projetos relacionados com biologia aquática. Entre eles, o estudo das interações predador-presa e desenvolvimento de marcadores moleculares para avaliar rápida e eficazmente a presença de cianobactérias potencialmente tóxicas em sistemas de água doce. Além disso, também estudou o microbioma de ascídias e o seu potencial bioativo aplicando abordagens genómicas, proteómicas e microbianas. Fez parte do projecto EdgeOmics que visava investigar a adaptação dos bivalves de água doce aos efeitos das mudanças climáticas e actualmente integra o projecto MoRePorto cujo âmbito é a monitorização e restauro das zonas húmidas da cidade do Porto.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Evolução Aquática
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Bolsa de investigação

André Gomes-dos-Santos licenciou-se em Biologia Aplicada em 2015 (Universidade do Minho), onde também obteve o grau de Mestre em Ecologia (2017). Concluiu o doutoramento em Biologia em 2023 (Universidade do Porto), durante o qual se especializou em bioinformática focada em “assembly” de genomas, filogenómica, genómica populacional e gestão de dados. Tem mais de 30 publicações científicas indexadas com cerca de 100 co-autores diferentes de 25 países. O seu foco de investigação é a aplicação de resultados de sequenciação genómica, implementados através da biologia computacional, para compreender a dinâmica evolutiva e as adaptações dos mexilhões de água doce e de outros organismos aquáticos.

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Ecologia e Evolução Aquática
FOTO Andrea Ramilo
Investigador

Licenciei-me em Biologia pela Universidade de Vigo. Durante o meu doutoramento, trabalhei no diagnóstico molecular e na epidemiologia de doenças importantes em moluscos bivalves. Atualmente, sou membro do grupo de Ecologia e Biodiversidade Marinha (ECOBIOMAR) do Instituto de Investigaciones Marinas-CSIC (Espanha) e estou a realizar um estágio pós-doutoral no CIIMAR. As principais áreas do meu trabalho são a ecologia de parasitas marinhos e a conservação e gestão sustentável da biodiversidade marinha.

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Investigador

Antonina dos Santos possui mais de 20 anos de trabalho científico em taxonomia e ecologia de invertebrados marinhos. Licenciou-se em Biologia Marinha e Pescas pela Universidade do Algarve e doutorou-se em Biologia (Ecologia e Biossistemática) pela Universidade de Lisboa em 2000.

A sua principal área de trabalho tem sido o estudo de larvas de decápodes, centrando os seus estudos em taxonomia, dispersão larval e recrutamento. Além disso, também realizou importantes trabalhos sobre taxonomia de adultos, tendo já descrito quatro novas espécies de camarão para a ciência (Bresilia saldanhai, Periclimenaeus aurae, Lysmata jundalini e Macrobrachium pantanalense). Recentemente ela criou o GelAvista, um projeto de ciência cidadã para estudar medusas. Tem estado envolvida em diversos projetos científicos multidisciplinares nacionais e europeus, 5 dos quais como coordenadora. Os resultados da sua atividade científica refletem-se na publicação de mais de 60 artigos científicos publicados em revistas internacionais. Ela também orientou muitos estudantes de graduação a teses de mestrado, doutoramento e pós-doutoramento de Portugal, Espanha, Itália e Brasil, entre outros. Foi cientista-chefe em mais de 15 campanhas oceanográficas multidisciplinares ao largo da costa portuguesa. Também é editor dos Folhetos de Identificação do ICES para Plâncton e editora académica do PeerJ.

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Estudante de Mestrado
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Ecologia e Evolução Aquática
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Bolsa de investigação

David Barros-García concluiu o seu doutoramento em Biologia (2019) na Universidade de Vigo (Espanha). Os seus interesses de investigação centram-se na filogeografia, evolução, taxonomia integrativa e adaptação ao ambiente de peixes de profundidade. Obteve um Concurso Individual de Estímulo ao Emprego Científico como investigador júnior da Fundação para a Ciência e a Tecnologia com uma proposta baseada na investigação genómica de teleósteos de profundidade a desenvolver no CIIMAR.

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Ecologia e Evolução Aquática
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Investigador

Interesso-me por biogeografia, biologia evolutiva e conservação, e tenho trabalhado com uma variedade de taxa terrestres e aquáticos. As minhas teses centraram-se na análise de padrões evolutivos e biogeográficos da herpetofauna terrestre e semi-aquática do deserto da África Ocidental, a diferentes escalas espaciais e temporais utilizando SIG, modelos baseados em nichos ecológicos e genética. Trabalhei também com peixes e mexilhões de água doce. Actualmente estou a estudar a distribuição e evolução da biodiversidade de água doce nas regiões semiáridas do Norte de África e como esta contrasta com os padrões terrestres. Até hoje acumulei centenas de dias de trabalho de campo em expedições a locais remotos, principalmente África. Procuro o equilíbrio entre exploração, conservação, aprendizagem e pensamento científico crítico.

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Ecologia e Evolução Aquática
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Group Leader

Elsa Froufe, Investigadora Principal no CIIMAR, possui uma licenciatura em Biologia pela Universidade de Aveiro (1997) e um doutoramento pela Universidade do Porto (2006). Com vasta experiência em genética e biologia evolutiva, o seu trabalho centra-se na compreensão dos padrões de biodiversidade aquática e nas complexidades destes ecossistemas. A Elsa colabora ativamente com uma vasta rede de investigadores estando particularmente interessada na aplicação de abordagens interdisciplinares integrativas para estudar diferentes níveis de organização da biodiversidade aquática. Nos últimos anos, tem se dedicado ao estudo do impacto das alterações climáticas na biodiversidade aquática.

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Ecologia e Evolução Aquática
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Investigador

Fernando Tuya is Associate Professor (“Profesor Titular”) at the Universidad de Las Palmas de G.C., since February 2018, after a “Ramón y Cajal” (2010-2015) tenure-track position and two postdoctoral positions at the Centre for Marine Ecosystems Research, Edith Cowan University (Australia, 2006-2008) and CIIMAR, Universidade do Porto (Portugal, 2009-2010). In 2015, I was awarded the I3 certification by the MINECO, according to the merits obtained in the first 4 years of the “Ramón y Cajal” tenure-track position.

Motivation of research: the necessity of searching for models that aim to explain patterns in the organization of benthic marine assemblages through ecosystems across different scales of space, time and taxonomy. More specifically, my research focuses in ecological interactions in and around marine habitats to tease apart the often-complex interactions that cause patterns of species distributions in nature. This approach allows transferring basic ecological knowledge into the sustainable management of marine ecosystems.

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Ecologia e Evolução Aquática
Francisco_Baldo
Investigador

Francisco Baldó, licenciado em Biologia (Universidade de Sevilha) e Ciências do Mar (Universidade de Cádis), e doutorado em Ciências do Mar (Universidade de Cádis), é Investigador Principal no Centro Oceanográfico de Cádis do Instituto Espanhol de Oceanografia (IEO), CSIC. Atualmente, a sua principal motivação científica é compreender a biodiversidade dos ecossistemas marinhos numa perspetiva ecoevolutiva e contribuir para a sua conservação, promovendo a gestão sustentável dos recursos piscatórios com uma abordagem ecossistémica.

Os modelos teóricos baseados em indivíduos da teia trófica estuarina do Guadalquivir foram a base da sua tese de doutoramento. Trabalhou extensivamente no Golfo de Cádis e no banco de pesca do Gran Sol, bem como no Mar Cantábrico, Terra Nova, Patagónia e Antártida. Especialmente interessado em iniciativas que visam melhorar o conhecimento sobre a estrutura e funcionamento dos ecossistemas marinhos a longo prazo, desenvolveu e liderou investigações sobre os ecossistemas de águas profundas do Banco de Porcupine, em águas irlandesas, onde, desde 2008, conduz uma campanha anual de investigação oceanográfica. Atualmente, esta campanha é financiada pela União Europeia através do projeto PORCUDEM, do qual é o investigador principal.

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Estudante de Mestrado
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Ecologia e Evolução Aquática
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Técnico de Investigação

Research Assistant at IPMA. Performs research support activity in the scientific area of Information Systems and Technologies, within the scope of the EMODnet Biology project. Organization and formatting of biodiversity data sets for the its availability on the EMODnet data portal, using the formats Darwin Core, EurOBIS, OBIS & OBIS-ENV, WoRMS.

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Ecologia e Evolução Aquática
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Bolsa de investigação

Lígia Faria de Sousa graduated in Biology in 2012 in the Sciences Faculty of Lisbon University (FCUL) and has a Master degree in Scientific Illustration achieved in 2015. She works in the description of the morphology of decapod crustacean larvae, and has been collaborating in the Portuguese citizen science program GelAvista since 2016.

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PhD Student

Manuel Lopes-Lima is currently the (IUCN/SSC) Coordinator of the Red List Authority on Freshwater Bivalves within the Mollusk Specialist Group. His research interests are related with the global conservation of freshwater mussels including phylogeny, genetic diversity and ecophysiology. He is also an active promoter of international research efforts around this faunistic group.

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Estudante de Mestrado
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Ecologia e Evolução Aquática
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Investigador

Rita F. T. Pires é doutorada em Ciências do Mar pela Universidade de Lisboa (2022) e mestre em Biologia Marinha (especialização em Ecologia e Conservação Marinhas) pela Universidade do Algarve (2010). Desde 2011, como assistente de investigação no Instituto Português do Mar e da Atmosfera, tem trabalhado em ecologia e taxonomia do zooplâncton marinho. Especializou-se na identificação de crustáceos decápodes, larvas de peixes e medusas. Desde 2016, colabora também no programa português de ciência cidadã GelAvista, para monitorização de medusas. Os seus interesses de investigação incluem também oceanografia biológica, processos de dispersão e conectividade larval, modelação biofísica e divulgação científica. Em seu doutoramento, concentrou-se em estudos de modelação biofísica para larvas de decápodes para a região Nordeste do Atlântico – Mediterrâneo Ocidental.

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Ecologia e Evolução Aquática
Tea_Zulcic_Photography
Estudante de Mestrado

Tea licenciou-se em Biologia – Microbiologia na Faculdade de Ciências Naturais e Matemática da Universidade de Sarajevo. Atualmente, está a fazer um mestrado em Biodiversidade, Genética e Evolução na Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. A sua tese de mestrado tem como objectivos: i) caracterizar a comunidade de parasitas do crocodilo da África Ocidental (Crocodylus suchus) e do babuíno da Guiné (Papio papio) ao longo de um gradiente de aridez; ii) analisar os fatores ambientais que determinam a diversidade e a renovação dos parasitas; iii) prever potenciais alterações na distribuição da diversidade de parasitas nestas espécies. Os seus interesses são a conservação da biodiversidade, a biologia evolutiva, a microbiologia, a genética, a biogeografia, a herpetologia e a biologia marinha.

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Principais publicações

A novel assembly pipeline and functional annotations for targeted sequencing: A case study on the globally threatened Margaritiferidae (Bivalvia: Unionida).

Gomes‐dos‐Santos, A., Froufe, E., Pfeiffer, J. M., Johnson, N. A., Smith, C. H., Machado, A. M., ... & Lopes Lima, M.

2023Molecular Ecology Resources.
Multilocus species delimitation analyses show junior synonyms and deep-sea unknown species of genus Gaidropsarus (Teleostei: Gadiformes) in the North Atlantic/Mediterranean Sea area.

Barros-García, D., Comesaña, Á. S., Bañón, R., Baldó, F., Arronte, J. C., Froufe, E., & De Carlos, A.

2022Mar Biol 169, 131.
Morphological description of the first protozoeal stage of the deep-sea shrimps Aristeus antennatus and Gennadas elegans with a key.

Carreton, M., Dos Santos, A., De Sousa, L.F. Rotllant, G., Company, J.B.

2020Scientific Reports 10, 11178
Freshwater mussels (Bivalvia: Unionidae) from the rising sun (Far East Asia): phylogeny, systematics, and distribution.

Lopes-Lima, M., Hattori, A., Kondo, T., Lee, J. H., Kim, S. K., Shirai, A., ... & Froufe, E.

2020Molecular Phylogenetics and Evolution, 146, 106755.
Evaluating a species phylogeny using ddRAD SNPs: Cyto-nuclear discordance and introgression in the salmonid genus Thymallus (Salmonidae).

Secci-Petretto, G., Englmaier, G. K., Weiss, S. J., Antonov, A., Persat, H., Denys, G. P., ... & Froufe, E.

2023Molecular Phylogenetics and Evolution, 178, 107654
Joint species distribution models unveil co‐occurrences between freshwater mussels and their fish hosts.

da Silva, J. P., Goncalves, D. V., Garcia‐Raventós, A., Lopes‐Lima, M., Varandas, S., Froufe, E., Teixeira, A., Hui, F. K.C., Filipe, A. F., Sousa. R.

2023Journal of Biogeography 50, no. 4: 730-742
PacBio Hi-Fi genome assembly of the Iberian dolphin freshwater mussel Unio delphinus Spengler, 1793.

Gomes-dos-Santos, A., Lopes-Lima, M., Machado, M. A., Teixeira, A., C. Castro, L. F., & Froufe, E.

2023Scientific Data, 10(1), 340.