Doutor em Biologia. Chefe da Equipa de Investigação em Genómica Evolutiva e Bioinformática do CIIMAR da Universidade do Porto. Foi Diretor Técnico-Científico do Centro Ambiental de Matosinhos (CMIA) da Câmara Municipal de Matosinhos.

I am studying for a master’s degree in Marine Ecology and Biological Oceanography (OBEM) in Aix-Marseille University in France, and I am currently working as an intern in the Evolutionary genomics and bioinformatics team at the CIIMAR. My work is focus on the characterization of the patterns of genetic structure of Paramuricea clavata at different spatial scales, in order to infer the underlying historical and contemporary processes with a focus on connectivity, genetic drift and local adaptation.

Carla Santos graduated in 2013 in Biology by the Faculty of Sciences, University of Porto. Currently, she is finishing her master degree in Legal Medicine at the Institute of Biomedical Sciences Abel Salazar. She has done her master thesis with a BYT+ scholarship in the EGB group, with the title “Genes from the pseudoautosomal region (PAR1) of the mammalian X chromosome: synteny, phylogeny and selection.” which earned the award of Best 2019/2020 BYT+ Internship.

Cristiana Moreira is a Postdoctoral researcher and also a Principal Investigator in a FCT funded project CyanoTox – Assessment of cyanobacterial toxins in aquatic systems: environmental impacts and development of new methodologies for their early detection (Ref. PTDC/AAG-GLO/2137/2014). She received her degree in Aquatic Sciences in 2001 from ICBAS- University of Porto and her PhD in 2013 in Biology from FCUP-University of Porto. Her research interests focus on molecular biology, more specifically on the development of new tools for the early screening of cyanobacteria and cyanotoxins. She author 19 scientific publications in international journals.

Sou licenciado em Biologia pela FCUP desde 2021 e atualmente estou a realizar o mestrado em aplicações de Biotecnologia e Biologia Sintética, também na FCUP. O meu trabalho de dissertação baseia-se no estudo dos mercados de carne em Africa e o risco de transmissão de doenças infeciosas associado aos mesmos.

Daniela Almeida graduated in Biology from the DBio-University of Aveiro (Portugal) in 2011 and obtained her Ph.D. in Biology (specialty of Evolutionary Genomics) from the FCUP-University of Porto (Portugal) in 2017. Her research interests focus on structural, functional and evolutionary genomics, ecotoxicogenomics and bioinformatics, more specifically on the role of protein-coding genes in the environmental adaptation of metazoans. She is the author of 5 scientific publications in international journals.

Emanuel Maldonado is a Research Fellow at CIIMAR in the Evolutionary Genomics and Bioinformatics group since September of 2010. He obtained graduation and masters degree in Computer Science from FCUP in 2007 and 2009, respectively. The masters degree project was inclusively developed in CIIMAR. His main research interests focus on studying and developing bioinformatics software applications and pipelines, thus integrating the broad fields of informatics and biology in areas, such as omics (genomics, transcriptomics, etc) and evolutionary biology. He has (co-)authored 12 scientific publications in international journals.

Postgraduate researcher with Biology and Biochemistry backgrounds. Involved in research mostly focused in animal adaptation and development, within cephalopods and fishes, and the potential implications of these factors in the organisms’ evolution.

Investigador Auxiliar financiado pela FCT no CIIMAR/FCUP. Licenciado em Ciências Farmacêuticas (1998) pela Universidade Central de Las Villas, Cuba-Espanha. Mestre em Bioquímica pela Escola de Medicina “Dr. de Zarate Ruiz”, Cuba (2009). Doutorado em Biologia pela Universidade do Porto (2013), Portugal. Pós-doutoramento no CIIMAR (2014-2017). Especializei-me em métodos bioinformáticos não convencionais aplicados à genómica funcional, evolução molecular e descoberta de fármacos. Recentemente, concentrei-me na utilização de aprendizado de máquina, redes complexas e algoritmos evolucionários para a busca e design de fármacos peptídicos a partir de péptidos antimicrobianos.

Hugo Moreno graduated in Biology in 2020 by the Faculty of Sciences, University of Porto. Currently he is a master´s student in Biodiversity, Genetics and Evolution at CIBIO. In the Evolutionary Genomics and Bioinformatics group at CIIMAR, he is developing his Master´s project on the evolution of endothermy. His main research interests are evolutionary biology, genetics and molecular evolution.

Minha investigação está envolvida em uma estrutura de biologia da conservação. Trabalho principalmente ao nível infra-específico e a interação entre ecologia e biologia evolutiva. Eu estudo espécies formadoras de habitats marinhos impactadas pela mudança global, com foco em corais temperados impactados pelas mudanças climáticas antropogênicas. Eu combino genética populacional/genômica e ecologia (monitorização, experimentos) para abordar diferentes tópicos, desde a história da recolonização (Ledoux et al. 2018; 2021) até a biologia populacional (Ledoux et al. 2020; Gazulla et al. 2021), limites de especies (Coelho et al. (2023) e funcionamento das áreas marinhas protegidas (Horaud et al. 2023).

Joana Falcão graduated in Biology from the University of Coimbra in 2008 and completed an MSc degree in Ecology in March 2010.Her interest in ecology, close contact with estuaries, marine ecosystems, and coastal waters, always present throughout the graduation, allowed her to work as a grant researcher in several research projects, from benthic sharks to zooplankton, passing by estuaries and the open sea. In 2016 she joined the Coastal Systems and Ocean research group at MARE-IPLeiria. She currently holds an FCT doctoral grant and develops her work at MARE-IPLEIRIA, Marine and Environmental Sciences Centre-Polytechnic of Leiria, CIIMAR-Interdisciplinary Centre of Marine and Environmental Research, and IPMA-Portuguese Institute for Sea and Atmosphere. Her PhD project aims to address long term changes in jellyfish populations through the monetarization of populations of gelatinous organisms on the Portuguese coast and assist in predicting future abundance fluctuations of these organisms in a thermally changing ocean, trying to determine the mechanisms by which climate change interacts with them and their prey (zooplankton and fish larvae) while quantifying the effects of the blooms of these organisms on the ecosystem, their driving forces and potential consequences for the tourism, industry and fisheries sectors.

Assistant Professor at the Centre for Ecological Sciences – Indian Institute of Science, Bengaluru (India). Evolutionary biologist with a passion for venom research, his research focuses on unraveling the forces of natural selection that sculpt toxin molecular scaffolds in the animal kingdom.

Leonildo dos Anjo Viagem graduated in Marine Biology and obtained his Master’s degree in Molecular and Microbial Biology by Faculty of Sciences and Technologies of the University of Algarve. He is currently a PhD candidate in the Evolutionary Genomics and Bioinformatics group at CIIMAR. His main research interests are related to genomic evolution of genes associated with food preferences in cephalopods and how this may relate to the microbiome.

Liliana Silva graduated in Biochemistry in 2009 and obtained her Master degree in Biochemistry in 2014 by, the Faculty of Sciences of University of Porto. She is currently a PhD student in the Evolutionary Genomics and Bioinformatics group at CIIMAR. Her main research interests are related with evolution of sensorial systems and environmental adaptation.

O meu nome é Lorenzo Pizzamiglio. Obtive a licenciatura em Ciências Biológicas em 2021 pela Universidade de Pavia e o mestrado em Biologia Marinha e Ecologia em 2024 pela Universidade de Génova. Atualmente, estou a realizar um estágio de pós-graduação Erasmus no CIIMAR. Os meus principais interesses de investigação centram-se na utilização da genética e da genómica para decifrar a biologia das espécies selvagens, com particular incidência nos elasmobrânquios

Luana Ramos terminou a licenciatura em Biologia em 2012 e o mestrado em Biodiversidade, Genética e Evolução em 2014, na Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. Em 2015, fez um estágio ERASMUS+ no instituto Senckenberg em Frankfurt, na Alemanha. De momento, está a realizar o doutoramento em Biologia no CIIMAR, no grupo de Genómica Evolutiva e Bioinformática. Os seus principais interesses são genética populacional, conservação, bioinformática e genómica evolutiva. O trabalho que está neste momento a desenvolver foca-se no estudo da evolução de características reprodutivas em vertebrados.

Mahmoud Bassyouni, Bioinformático Sénior, foi reconhecido pela sua especialização em ciências biomédicas e bioinformática. Com uma licenciatura obtida na Zewail City of Science and Technology e um mestrado em Informática pela Nile University, construiu uma base sólida para a sua especialização em análise de dados genómicos, desenvolvimento de pipelines e gestão de infraestruturas de servidores.

Atualmente, está a realizar um doutoramento na Universidade do Porto, ao mesmo tempo que trabalha como assistente de investigação no projeto iCulture, explorando a ligação entre os genótipos e fenótipos de algas marinhas utilizando técnicas de inteligência artificial e aprendizagem automática.

A sua experiência anterior no MARC for Medical Services and Scientific Research incluiu contribuições para projetos de sequenciação de nova geração e farmacogenómica. Entre os seus feitos científicos destacam-se publicações em revistas como Scientific Reports e Journal of Biological Inorganic Chemistry, abordando fatores de risco genéticos em síndromes metabólicas e simulações de proteínas em química computacional.

Bolsas, programas de intercâmbio e colaborações internacionais têm moldado o seu desenvolvimento profissional, enquanto a sua experiência técnica em ferramentas como NextFlow e Docker reflete o compromisso em promover avanços na bioinformática e na genómica.

Manuel Seixas é Mestre em Biotecnologia dos Recursos Marinhos pela Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar (ESTM) do Politécnico de Leiria. Actualmente é estudante de Doutoramento no CIIMAR focando-se na analise de genomas e transcriptomas de elasmobranquios.

Marco Simões é mestre em Biotecnologia dos Recursos Marinhos pela Escola Superior de Turismo e Tecnologia do Mar de Peniche-Politécnico de Leiria. Nos últimos anos tem desenvolvido trabalhos de investigação nas áreas da Biologia Molecular e Engenharia Genética no Cetemares-MARE Politécnico de Leiria, Peniche. Tem aplicado várias técnicas moleculares em investigação com plantas, deteção de patógenos de peixes, identificação da espécies e pesquisa de genes de resistência a antibióticos em microrganismos ambientais, metagenómica, metabarcoding e genética evolutiva. Atualmente é estudante de doutoramento.

Mohamed Emam é investigador assistente no CIIMAR no grupo de Genómica Evolutiva e Bioinformática desde fevereiro de 2018. É estudante de mestrado e os seus interesses de investigação centram-se no estudo de uma seleção positiva em sequências relacionadas com mamíferos e na análise de utilização de codões em dados metagenómicos humanos.

As minhas investigações alimentam-se da interação entre as ciências da evolução e da biologia da conservação. Estou investigando os padrões de diversificação dentro de vários grupos de mamíferos através de diferentes escalas, incluindo filogenética/filogeografia/genética populacional. O objetivo final da minha investigação é aumentar o conhecimento sobre a dinâmica evolutiva e a ecologia dos taxa patrimoniais e produzir ferramentas baseadas em ADN para a implementação de protocolos de gestão da vida selvagem.

Ricardo Alexandre Barroso licenciou-se em 2019 em Biologia e obteve o grau de mestre em Aplicações em Biotecnologia e Biologia Sintética em 2021, pela Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. Atualmente, é aluno de doutoramento no grupo de investigação em Genómica Evolutiva e Bioinformática do CIIMAR. O seu trabalho foca-se na evolução e caracterização de toxinas de invertebrados marinhos venenosos através da análise de genomas, transcriptomas e proteomas, explorando as suas funções ecológicas e o seu potencial biomédico. Tem experiência de investigação em bioinformática, virologia e parasitologia, tanto a nível académico como a nível industrial.

Rita Mendes licenciou-se em 2012 em Ciências Biológicas e da Saúde na Universidade dos Açores, concluiu o Mestrado em Biologia e Gestão da Qualidade da Água em 2014 e o Mestrado em Toxicologia e Contaminação Ambientais, em 2017, ambos na Universidade do Porto. Atualmente, é estudante de Doutoramento no grupo de Genómica Evolutiva e Bioinformática do CIIMAR. Os seus interesses em investigação focam-se no estudo de cianobactérias e cianotoxinas, métodos moleculares e de nova geração, e toxicologia ambiental, especialmente na área de sistemas aquáticos interiores.

Sou um ecologista molecular interessado em diversidade, ecologia e evolução dos peixes. Minha pesquisa é baseada em abordagens moleculares, como genética populacional, genética de paisagens marinhas, filogeografia, ciência ômica (transcriptoma e genómica), e também no desenvolvimento de ferramentas forenses de vida selvagem para fins de aplicação da lei e monitoramento comercial. A minha investigação atual centra-se na compreensão da influência das características oceanográficas na diversidade genética e na estrutura populacional, principalmente de tubarões pelágicos e peixes com bico.

Rute Fonseca é Professora Auxiliar na Universidade de Copenhaga, Dinamarca. Licenciou-se em Bioquímica em 2000 e doutorou-se em Química Computacional em 20016 pela Universidade do Porto. Rute usa ferramentas computacionais para estudar a evolução molecular em uma variedade de organismos. O meu trabalho recente envolve a exploração de informações genómicas em larga escala em conjuntos de dados de DNA modernos e antigos. Estou particularmente interessado na evolução da função das proteínas e como isso afeta os fenótipos.

Sou bióloga evolucionista, com experiência em ecologia, evolução da história de vida, genética populacional, herpetologia, conservação e genómica evolutiva. O impulso central da minha investigação é integrar estas disciplinas para compreender a evolução da biodiversidade reptiliana em todas as suas formas, desde moléculas até populações, e contribuir para a sua conservação. Meu trabalho atual se concentra na elucidação de padrões adaptativos de evolução do genoma mitocondrial. Para responder a esta questão, utilizo análise estatística molecular moderna usando métodos de bioinformática, para detetar mudanças nas restrições seletivas nas regiões codificadoras da proteína do DNA das mitocôndrias ao longo da evolução dos quelônios.

Em 2017, Tomás Rodrigues concluiu a licenciatura em Biologia pela Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. Concluiu com sucesso o mestrado em Biologia e Gestão da Qualidade da Água em 2019, também na Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. Procurando o enriquecimento académico internacional, participou de um programa de mobilidade internacional na Universidade de Murcia em 2020.
Atualmente, Tomás Rodrigues está a tirar o doutoramento no grupo de Genómica Evolutiva e Bioinformática do CIIMAR. As suas atividades académicas são guiadas por uma profunda curiosidade em vários campos, incluindo Proteómica, Transcriptómica, Genómica, Genética, Biologia Molecular, Biologia Celular, Biogeografia e Ecologia. A sua pesquisa é centrada em pesquisar o potencial dos cnidários através de uma abordagem molecular integrativa e baseada em ómicas.

Atualmente sou estudante de doutoramento no CIIMAR. Depois de trabalhar no LEGE durante a minha licenciatura e mestrado na identificação e compreensão de simbiontes de organismos marinhos, estou agora inscrito no programa de doutoramento em Nutrição e Alimentação Animal Sustentável (SANFEED), do ICBAS-UP em parceria com a FCT e a Soja de Portugal. O foco principal da investigação é a influência nutricional do microbioma do trato gastrointestinal (TGI) das aves para a melhoria da qualidade da carne e do bem-estar animal, bem como da qualidade da dieta humana.

Yihe Zhao é um candidato a doutoramento em Biologia com instituição de acolhimento no CIIMAR. Obteve o seu Bacharelato em Engenharia Farmacêutica pela Universidade de Tecnologia de Tianjin em 2016 e o Mestrado em Biologia Molecular e Evolução pela Universidade de Christian-Albrechts zu Kiel em 2018. A sua investigação foca-se principalmente na biologia molecular dentro das ciências biológicas. Yihe realizou estudos aprofundados em genómica, transcriptómica e bioinformática. Os seus interesses de investigação incluem genómica comparativa, mineração de dados transcriptómicos e aplicação de técnicas de bioinformática. Ele analisa dados genómicos e transcriptómicos para compreender os mecanismos moleculares e explorar a modificação genética e compostos bioactivos. A sua investigação abrange áreas chave como genómica, transcriptómica, modificação genética, expressão de peptídeos e peptídeos de veneno de Conus. O trabalho de Yihe contribui para a compreensão da variação genética e das suas funções, avançando os campos científicos relacionados. Os seus objetivos futuros incluem explorar mais as aplicações dos dados genómicos e transcriptómicos na biomedicina e desenvolver novas soluções para a investigação de doenças.