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Grupo de investigação

Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas

Alterações Globais e Serviços dos Ecossistemas

A equipa de Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas tem por objetivo gerar conhecimentos inovadores sobre o excitante universo das complexas e interligadas funções das comunidades microbianas em múltiplos ambientes naturais.
Os nossos projetos de investigação abrangem o estudo dos ciclos biogeoquímicos fundamentais (e.g., azoto) e das comunidades microbianas em regiões polares (Ártico e Antártida), ambientes de mar profundo, águas costeiras temperadas, ecossistemas estuarinos e ambientes de oceano aberto, com uma perspetiva ampla sobre a forma como os microbiomas respondem às alterações globais.

Os nossos estudos são multidimensionais, envolvendo campanhas oceanográficas, bem como experiências in situ, experiências de microcosmos e biorreatores, utilizando medições biogeoquímicas, processamento de amostras de microbiomas e análise genómica / metagenómica / metatranscriptómica.
Participamos em programas nacionais e internacionais de monitorização dos microbiomas marinhos, gerando conjuntos de dados a longo prazo, com um envolvimento ativo em consórcios internacionais de microbiomas e iniciativas de padronização de metodologias de metagenómica para o estudo das comunidades microbianas (e.g., Ocean Sampling Day, EMO-BON, ATLANTIDA, monitorização pelágica de Ny-Alesund).
Os conhecimentos fundamentais adquiridos pela nossa equipa de investigação sobre funções microbianas complexas em ambientes naturais permitem-nos contribuir para projetos interdisciplinares relacionados com o desenvolvimento e a validação de novas tecnologias para a observação dos oceanos e mitigação da poluição, bem como em projetos relacionados com disciplinas de microbiologia aplicada, especificamente na bioprospecção, biorremediação e gestão das comunidades microbianas em aquacultura.
A nossa equipa trabalha num ambiente de forte interdisciplinaridade (Ecologia Microbiana, Biogeoquímica, Genómica, Oceanografia, Bioinformática, Análise de Macrodados, Modelação, Desenvolvimento Tecnológico) em conjunto com parceiros nacionais e transnacionais para explorar os desafios científicos sobre as funções fundamentais dos microbiomas ambientais.

Investigador principal

Group Leader

PhD in Marine Sciences, researcher of CIIMAR, invited assistant professor at University of Porto and member of the coordination committee of Portuguese Polar Program. Her major research is on understanding how microbial derived nitrogen machineries interact and to identify the mechanisms regulating their operation. She focus her research on the impact of pollutants in marine N-biogeochemical pathways and in identifying the environmental constraints and controls on microbial Nitrogen pathways distribution including in extreme environments (Arctic/Antarctica). In the context of her research the methodologies she use are mainly biogeochemical measurements, microbiome sample processing and genomic and metagenomic work flow analysis.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas

Projetos de investigação

ATLANTIDA

BIOMETORE

BLUEandGREEN

CONNECT2OCEANS

CORAL

DeepResist

EMPHATIC

FEEDMI

GENiuSAMPLER

MAR2PROTECT

MarinEye

MarInfo

MIDFun

N-MicroARCTIC

NANOSED

NetTag

NETTAGPlus

NITROLIMIT

Ocean3R

PERMAMERC

Membros do Grupo

PhD Student

Adriana Rego licenciou-se em Biologia pela Universidade do Porto em 2015 e concluiu o mestrado em Biologia Molecular (2017) pela mesma universidade. Desde 2019 é estudante de doutoramento da FCT inscrita no programa doutoral em Ciências Biomédicas. No seu projeto combina bioinformática e ecologia microbiana para estudar a distribuição e diversidade de genes biossintéticos bacterianos em múltiplos ecossistemas.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Produtos Naturais de Cianobactérias
Estudante de Mestrado
EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Investigador

Mafalda Baptista é investigadora de pós-doutoramento que trabalha na ecologia microbiana de sistemas aquáticos e ambientes extremos. Obteve seu doutoramento em ciências ambientais e tecnologia pela Universidade do Porto em 2008. Desde então, estabeleceu várias colaborações com instituições de investigação, como o Centro de Implicações Ambientais das Nanotecnologias, Universidade da Califórnia em Santa Barbara, nos EUA, o Departamento de Ecologia, Meio Ambiente e Ciências das Plantas, Universidade de Estocolmo, na Suécia, e o Centro Internacional de Investigação Antártica Terrestre, Universidade de Waikato, Nova Zelândia.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Bolsa de investigação

Ana Gomes é licenciada em Bioquímica pela Universidade do Porto (Portugal) e mestre em Biologia Aplicada com foco em Biologia Marinha, Ecotoxicologia e Poluição pela Universidade de Aveiro (Portugal). A sua tese de mestrado foi desenvolvida no Arctic Research Center (Universidade de Aarhus, Dinamarca) e focou-se nas comunidades bacterianas envolvidas na biodegradação de petróleo em condições árticas. Atualmente, Ana está a trabalhar no projeto CONNECT2OCEANS a investigar dinâmicas microbianas em resposta a alterações ambientais globais.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Estudante de Mestrado

Ana Ribeiro é licenciada em Biologia pela Universidade do Porto, desde 2022. Encontra-se atualmente no segundo ano do Mestrado em Ecologia e Ambiente na Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. No âmbito do mestrado, irá realizar a sua tese no ciimar no grupo Microbiome Ecology and Biogeochemistry.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Group Leader

PhD in Marine Sciences, researcher of CIIMAR, invited assistant professor at University of Porto and member of the coordination committee of Portuguese Polar Program. Her major research is on understanding how microbial derived nitrogen machineries interact and to identify the mechanisms regulating their operation. She focus her research on the impact of pollutants in marine N-biogeochemical pathways and in identifying the environmental constraints and controls on microbial Nitrogen pathways distribution including in extreme environments (Arctic/Antarctica). In the context of her research the methodologies she use are mainly biogeochemical measurements, microbiome sample processing and genomic and metagenomic work flow analysis.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
PhD student

Eva Lopes tem o mestrado em Ciências do Mar-Recursos Marinhos, com especialização em Biologia e Ecologia Marinhas (Universidade do Porto). Atualmente, está a fazer o seu doutoramento no programa doutoral “Ciência, Tecnologia e Gestão do Mar” na Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. A sua tese de doutoramento foca-se como o fenómeno Atlantificação afeta as comunidades microbianas no Oceano Ártico, a nível da sua diversidade e interações entre si, com o foco especial no ciclo de azoto. Para o seu doutoramento, recolhe as amostras na estação científica de Ny-Ålesund e trabalha em parceria com o Instituto Polar Norueguês.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
PhD student

Mestre em Microbiologia, estudante de Doutoramento no CIIMAR. A sua investigação é focada na análise de dados de sequenciação de amplicons e metagenómica de comunidades microbianas ambientais. O seu projeto de doutoramento é sobre a resposta da biosfera rara às mudanças climáticas no oceano Ártico.

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Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Investigador

Joana Faria da Costa graduated in Aquatic Sciences in 2006 and obtained her PhD degree in Biomedical Sciences in 2012 by the Institute of Biomedical Sciences of Abel Salazar, University of Porto. She is currently a post-doc researcher at the laboratory of Ecotoxicology in CIIMAR. Her current main research interest  focuses on aquatic toxicology, related with the assessment of aquatic environmental quality, and food and water security and sustainability

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Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Estudante de Mestrado

Born in Belgrade, Serbia. In 2022, she obtained her bachelor’s degree in Molecular Biology and Physiology from the Faculty of Biology in Belgrade. Presently, she is pursuing her master’s degree in Biodiversity, Genetics and Evolution at the Faculty of Science in Porto. Her research focuses on identifying the microbial composition of precipitation and glacier snow in the Northern Antarctic peninsula. This research is integrated in the MAPS project, focusing on the impact of extra-tropical cyclones and atmospheric rivers in the atmospheric and oceanic boundary layers in Antarctica.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Técnico de Investigação
EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Estudante de Mestrado

A Mariana Valquaresma licenciou-se em Biotecnologia Medicinal pela Escola Superior de Saúde (Instituto Politécnico do Porto) em 2022. Atualmente, encontra-se no segundo ano do seu mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional na Faculdade de Ciências da Universidade do Porto. Ela irá realizar a sua tese no CIIMAR, no grupo Microbiome Ecology and Biogeochemistry, com o objetivo de investigar a diversidade dos microrganismos do mar profundo e como esta pode ser afetada pela mineração destes locais.

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Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Investigador

Miguel Semedo doutorou-se em Ciências Marinhas pelo Virginia Institute of Marine Science, College of William and Mary (2019), e é atualmente um investigador júnior no CIIMAR. Como ecologista microbiano, Miguel está interessado em investigar a diversidade e a função das comunidades microbianas em vários ambientes e os seus papéis nos processos biogeoquímicos. Está especialmente interessado em compreender os impactos das atividades humanas e da poluição nestes processos microbianos. Para a sua investigação, aplica metodologias moleculares, bioinformáticas e biogeoquímicas para ligar os pontos entre a composição da comunidade microbiana e a atividade biológica.

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Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Bolsa de investigação

Nicola Gambardella nasceu em 1999 em Mirano, Itália, e se formou na Universidade de Pádua em 2021 com uma dissertação sobre metagenômica de ambientes extremos.

Atualmente faz o mestrado em Biologia Molecular com especialização em Bioinformática na Universidade de Pádua, bem como o estágio de mestrado na Equipa de Ecologia e Biogeoquímica do Microbioma do CIIMAR.

Durante seu projeto, ele foi capaz de trabalhar com metagenômica e dados de metabarcoding para revelar as limitações das atuais metodologias de bioinformática em ecologia microbiana.

Pretende prosseguir os seus estudos nesta área com uma bolsa de doutoramento.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Técnico de Investigação

Óscar Babé Gómez obteve a licenciatura em Ciências Marinhas pela Universidade de Vigo em 2016. Atualmente bolseiro de investigação no CIIMAR e faz parte da Equipa de Ecologia Bentónica. Os seus principais interesses de investigação centram-se na ecologia marinha e nas alterações climáticas. Ele também é mergulhador.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Ecologia Bentónica e Soluções Ambientais
Estudante de Mestrado

Full degree in natural sciences: qualification in biology by the State University of Pará (UEPA). Bioinformatician in development (R, Shell Script). Currently finishing a dissertation in Environmental Sciences. Masters in Biodiversity, Genetics, and Evolution, at Faculty of Sciences of the University of Porto. The master thesis goal is to unravel the diversity of the microbial communities distributed along with a system of marine-terminating glaciers within a Svalbard fjord (Kongsfjorden) to understand the dynamics under the threat of the Anthropocene.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Investigador

Pedro Duarte realizou a sua investigação de doutoramento na Universidade Nova de Lisboa e trabalhou como Assistente e Professor Associado na Universidade Fernando Pessoa, Portugal, entre 2005 e 2013. Obteve a Agregação em 2012. Desde 2013, trabalha como Cientista Pesquisador Sênior no Instituto Polar Norueguês. Sua investigação atual está focada nas mudanças no ecossistema do Oceano Ártico resultantes do aquecimento global, com ênfase nas mudanças na produção primária e na implementação e uso de modelos físico-biogeoquímicos acoplados de oceanos e gelo marinho. Desde 2018, é responsável pelo pacote de trabalho de modelação do programa emblemático de investigação do ecossistema Kongsfjorden em Svalbard3. Seu curriculum vitae contém cerca de 100 publicações revisadas por pares.

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Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas
Estudante de Mestrado
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Ecologia e Biogeoquímica dos Microbiomas

Principais publicações

Exploration of the Types of Rarity in the Arctic Ocean from the Perspective of Multiple Methodologies.

Pascoal, F., Costa, R., Assmy, P., Pedro, D., Magalhães, C.

2021Microbial Ecology, 34405249
Secondary metabolite biosynthetic diversity in Arctic Ocean metagenomes.

Rego, A., Fernandez-Guerra, A., Pedro, D., Assmy, P., Leão, P.N., Magalhães, C.

2021Microbial Genomics 7(12
Bioremediation of Petroleum Hydrocarbons in Seawater: Prospects of Using Lyophilized Native Hydrocarbon-Degrading Bacteria.

Perdigão, R., Almeida, C.M.R., Magalhães, C.,Ramos, S., Carolas, A. L.

2021 Microorganisms, 9 (11), 2285
The microbial rare biosphere: current concepts, methods and ecological principles. F

Pascoal, F., Costa, R., Magalhães, C.

2021EMS Microbiology Ecology, 97 (1) fiaa227
Depth Profile of Nitrifying Archaeal and Bacterial Communities in the Remote Oligotrophic Waters of the North Pacific.

Semedo, M., Lopes, E., Baptista, M.S., Oller-Ruiz, A., Gilabert, J., Tomasino, M.P., Magalhães, C.

2021Frontiers in microbiology 12, 319